Se presentan cálculos con la teoría de funcionales de la densidad a un nivel de teoría WB97XD/6-311++G** para caracterizar las interacciones por enlace de hidrógeno entre ciprofloxacina y ácido metacrílico durante la etapa de pre-polimerización en la impresión molecular. La ciprofloxacina es un antibiótico caracterizado por múltiples sitios selectivos que pueden interaccionar con un monómero ácido. Se analizó la reactividad con las cargas atómicas NBO. Los centros nucleofílicos y electrofílicos se hacen más negativos y más positivos, respectivamente, después de la formación del complejo. La combinación de los parámetros geométricos, análisis de las cargas atómicas y espectros de IR teórico se utilizan para predecir la fuerza del enlace de hidrógeno. Se utilizó el método de la compensación para el error de superposición de bases. Con estos resultados, es posible comprender las interacciones por enlace de hidrógeno entre la ciprofloxacina que actúa como molécula molde y el monómero, ácido metacrílico.